幽门螺杆菌目前的治疗主要是四联疗法，包括PPI制剂加铋剂加两种抗生素进行两周的治疗，抗生素一般包括阿莫西林、左氧氟沙星、克拉霉素。
如果病人没有青霉素过敏，青霉素皮试阴性，首选阿莫西林加克拉霉素。如果病人青霉素过敏，可以选择左氧氟沙星加克拉霉素，两种抗生素加铋剂加PPI制剂的四联疗法治疗，根治成功率很高。
目前随着幽门螺杆菌治疗的普遍，其耐药性也逐渐增高。针对耐药性，可以对四种药进行检测，根据检测进行调整。PPI制剂可以进行基因检测，检测是快代谢还是慢代谢。如果是快代谢的病人，PPI制剂需要加量。
目前克拉霉素耐药性也逐渐增高，可以选择四环素或者呋喃唑酮等抗生素。此类抗生素由于很长时间用药量非常小，或者已经很长时间没有使用，耐药率还很低。
