淋巴细胞性甲状腺炎属于自身免疫性疾病，不能用抗生素，严重时患者可以用激素抑制自身过强的免疫力。另外，由于此病长期慢性对甲状腺破坏，会影响甲状腺功能，这时甲状腺所分泌的甲状腺素可能会低。出现甲状腺机能减退时患者需要口服外源性甲状腺素，即优甲乐。慢性淋巴细胞性甲状腺炎有一定恶变几率，如果产生结节，不能除外恶变时也需要考虑做手术。
淋巴细胞性甲状腺炎是自身产生抗体，特别是甲状腺球蛋白抗体等抗体，针对自己的甲状腺组织，会破坏甲状腺组织。而破坏后甲状腺组织还有自我再修复过程，破坏和再修复反复发生就可能造成大量纤维细胞增生，出现淋巴细胞浸润，称为慢性淋巴细胞性甲状腺炎。
