如果确实不清楚自己患的是何种疾病，需要到哪个科室就诊，最简单的方法是男性生殖器疾病去男科就诊，女性生殖器疾病去妇产科就诊。绝大多数男性是由男科医生进行诊治，比如阴茎、阴囊发育异常，先天发育畸形或者表面炎症、创伤等，一般可以由男科医生进行第一步的诊断。
有部分疾病归属于其他科室的研究范畴，如果患者难以分辨清楚去何科室就诊，也可以先到男科就诊，进行进一步的咨询，比如在某些情况下，生殖器部位的皮肤感染是皮肤科进行诊治，如某些性传播疾病也是由皮肤性病科进行诊治，某些发育异常是由内分泌科进行诊治，某些局部感染是由烧伤整形科进行处理。如果患者难以判断应当去何科室就诊，请第一次就诊时选择男科，女性生殖器疾病选择妇产科，向医生沟通病情以及就诊诉求，由医生对进一步的就诊科室进行合理选择和判断。
