有些不能自行排出的尿道结石其实都需要手术处理，比如输尿管镜碎石、经皮肾镜碎石，都可将结石碎小过后将其取出尿道，避免尿道长期由于结石嵌顿导致尿道黏膜水肿，减少尿道狭窄的形成。所以尿道结石处理方式要根据结石位置、大小来选择，一般中段尿道以及后尿道都需要通过手术方式处理。
前段尿道的结石有时可通过钳夹将结石夹碎后取出，中后段尿道必须通过手术方式将结石在尿道里击碎，或者将结石推回膀胱进行处理。这样更方便结石排出，避免结石反复在尿道嵌顿；以及由于个体较大，在尿道里来回摩擦，导致尿道黏膜损伤，形成尿道狭窄。
排在尿道里的结石负荷不大，进行手术的时间也较短，一般在半小时以内就可解决。所以如果发现尿道结石无法自行排出，患者尽量到医院就诊，避免痛苦的尿胀感，或者增加出现尿道狭窄的可能。
