多囊卵巢囊肿通常不通过调节以及治疗较难自愈。多囊卵巢囊肿由卵泡不排卵造成，女性表现为不来月经或月经稀发，如几个月才来一次，后续会影响女性的生育功能。主要需通过药物治疗，首先需调节女性月经，保证规律的月经，后续再促排卵，一旦产生排卵，囊肿会相对减少，其次需帮助女性生育。使用一段时间药物后，多数女性可能会恢复自主、规律的月经，即疾病得到控制，有规律的月经，卵巢通常就不会表现多个囊肿。
但部分特殊的情况，如情绪波动、分娩甚至流产后，可能再次出现月经不调，以及卵巢多个囊肿等情况。部分患者体重有所增加，肥胖女性可以改善糖耐量异常的情况，如通过锻炼、控制饮食等，将体重恢复到正常情况。这时部分女性会恢复自主的月经周期，卵巢多个囊肿的表现也会得到改善。
