鼻咽癌确诊，最主要是要做纤维鼻咽镜或者鼻内窥镜，可以直视到鼻咽部情况，鼻咽部如果有肿物，可以在内窥镜下做活检，通过病理检查能够明确诊断，在内窥镜下的活检是确诊最主要的方法。当然在这基础上还可以做鼻咽部的CT或者核磁，明确鼻咽部肿物或鼻咽癌。如果明确范围、深度，对明确肿瘤的范围有很大帮助。
筛查时可以做EB病毒检查，尤其是壳抗原检查，作为一种筛查方法，而不是确诊方法。很多体检都包括EB病毒筛查，如果EB病毒阳性，并不代表是鼻咽癌，如果是阳性，还可以做鼻咽镜，如果有异常，再做活检，可以明确是否存在异常。
