疱疹性咽峡炎和急性扁桃体炎在病因、临床表现、治疗，以及预后上都有不同。
1、疱疹性咽峡炎：疱疹性咽峡炎是由肠道病毒感染引起，有较强的传染性，主要好发于儿童。疱疹性咽峡炎的临床表现主要是咽痛、发热、咽峡部疱疹，以及溃疡，其具有较强的传染性，需要隔离治疗，并对患儿的玩具和餐具都要进行消毒。疱疹性咽峡炎是自限性疾病，病程大约在1周，主要治疗是对症及支持治疗，没有特异性治疗，要预防继发的病毒细菌感染，其预后较好；
2、扁桃体发炎：主要是由于细菌感染引起，少部分是由病毒感染引起，有一定的传染性。主要临床表现是咽痛、发热、畏寒、精神差、乏力、扁桃体红肿，部分患者扁桃体还可见有脓性分泌物。治疗主要是抗炎治疗，如果治疗不彻底或者反复感染，有可能转变为慢性扁桃体炎。急性炎症控制不好，还有可能会发展为急性扁周炎。
