克罗恩病属于少见肠道疾病，缺乏诊断金标准，所以在排除其它疾病且符合下列要点时才可诊断：
1、患者具有典型临床表现，如口腔溃疡、瘘管、包块等，可考虑为临床疑诊，安排进一步检查；
2、同时具备结肠镜或者小肠镜特征，并观察其影像学表现，如小肠的CT成像或者小肠核磁成像等，没有条件的也可以采用小肠的钡剂造影等，可进行临床拟诊；
3、结合病理活检，若发现非干酪样肉芽肿，提示为克罗恩病特征性改变；同时如果可以排除肠结核，以此可做出临床上的初步诊断；
4、对于手术切除标本或无病理确诊的初诊病例，需随访六个月以上，根据患者对治疗反应和病情变化判断；若符合克罗恩病自然病程，则为临床确诊。
