没有扁桃体的患者可存活到自然寿命，即人体可能会由于外伤、车祸、细菌感染、心脑血管意外或恶性肿瘤等疾病，导致多脏器衰竭而死亡，但不会由于失去扁桃体导致此类疾病发生率升高，因此有无扁桃体对人类自然寿命影响较小。扁桃体作为人体免疫器官，在6-7岁前可帮助机体提高抵抗力，抵御外界细菌或病毒侵袭，但7岁后扁桃体免疫作用逐渐消失。
因此，对成人而言，如果扁桃体经常出现慢性发炎情况，可能会引起心肌炎或肾炎发生，此时存在意义不大，通常可采用切除方式避免反复发炎。对于儿童而言，尽管扁桃体具有免疫作用，但由于扁桃体肥大而导致打呼噜或呼吸不畅情况时，会影响机体氧气吸入，对儿童发育甚至智力发育造成一定影响。当扁桃体存在弊端大于益处时，建议进行切除。
