链霉素为第一种用于抗结核的药物，因链霉素对结核杆菌的特效作用，肺结核的治疗开启新纪元。但是随着链霉素的单一用药，临床上发现结核杆菌逐步对链霉素产生耐药性，导致患者的治疗效果逐渐不佳。
随着异烟肼、利福平的发明，两者合用后提高了结核病的治疗效果，并减少了结核分枝杆菌的耐药性。目前结核分枝杆菌对链霉素的耐药性已非常严重，绝大部分耐多药肺结核患者均对链霉素耐药，加上链霉素有较多的副作用，比如链霉素可对患者的听力造成损害，长时间的应用可致耳鸣甚至耳聋，且链霉素对患者的肾功能亦有损害，所以链霉素目前较少应用于临床。
现在耐多药肺结核患者主要选用阿米卡星、卷曲霉素进行治疗，但这些药物对听力、肾功能也会产生不同程度的影响，所以世界卫生组织最新治疗耐多药的指南中，推荐如果有可代替的药物，优先选择口服药从而代替注射药物。
