妊娠期合并肺栓塞的治疗要充分考虑抗凝药物对孕妇和胎儿的影响。如果是普通患者，选择低分子肝素和华法林联合抗凝治疗的，但是华法林对胎儿有致畸作用，所以孕产妇出现肺栓塞，首选皮下注射低分子肝素，并且根据孕产妇的体重去调节应用的剂量。如果在妊娠早期使用华法林会导致胎儿的中枢神经系统异常，有致畸的风险，晚期会引起胎儿或者新生儿出血或者胎盘早剥。

其它抗凝药物包括磺达肝癸钠或者拜瑞妥，在妊娠合并肺栓塞的治疗中缺乏相关证据，所以选择皮下注射低分子肝素来治疗妊娠合并肺栓塞，治疗疗程至少3个月。有的产妇在过程中已经生产，因为华法林不会通过乳汁代谢，产后可给予华法林重叠抗凝治疗。当抗凝达标以后，就会停止使用低分子肝素，而单独使用华法林抗凝，产后抗凝时间至少维持6周以上，整体抗凝时间不能少于3个月。其它抗凝药物包括磺达肝癸钠、利伐沙班等抗凝药物，在孕产妇的使用中依据不足。