肛门刺痛可能与炎症性疾病相关，还与肛周感觉异常或肿瘤性疾病有关。炎症性疾病最常见，如肛周脓肿、肛瘘、肛裂等，通常疼痛比较剧烈，甚至伴发热等全身表现。肛周脓肿处理时，需区分肛周脓肿是否由肛瘘引起。肛瘘是肛门内有一个内口，肛门外有一个外口，两者之间通过窦道相连。
出现肛瘘时肛门疼痛不严重，但局部脓肿反复发作、迁延不愈。对于这种疼痛，只有将瘘管完整切开，使新生肉芽组织由内向外生长，才能治愈肛瘘。对于肛周脓肿或肛裂，多数需要进行手术切除。如果肛周出现感觉异常，需注意减少刺激性食物摄入，尤其是辣椒、酒精等，通过减少直肠刺激，可于一定程度缓解刺痛症状。
