气管镜和CT属于两种不同检查，需要根据病情部位，患者是否能够耐受选择。气管镜需要明确患者有无禁忌症，两者无法比较和替代。气管镜检查可以经气管镜取到组织，进行病理检查，很快可以明确诊断。气管镜检查可以取异物，夹除异物或痰栓，或明确气管有无出血或出血部位。
外周病变气管镜会受到局限，无法观察气管远端以及气管外面病变，此时选择肺部CT检查，肺部CT检查是一种影像学检查，可以更清楚看到肺部各个部位有无病变，病变大小以及累及范围。肺部炎症、结核、肺气肿、支气管扩张都能观察较清楚。低剂量CT常作为肺癌筛查，还可以动态观察病变发展速度，例如发现肿瘤，经过治疗可以观察肿瘤大小有无变化。CT引导可以对肺周边病变进行穿刺，目前临床首先进行肺部CT检查，明确病变位置，进行影像学特征性分析。再决定是否需要气管镜检查，两种检查相辅相成，互相不能取代。
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