磁共振检查没有电离辐射，对人体不会造成辐射伤害。扫描时伴随噪声，部分患者会出现耳部不适，但这种情况一般可以避免，患者可以在检查前把耳部塞住或磁共振存在专门耳塞，可以使用。少数患者可能会出现胸闷、心慌、心悸等不适症状，但比例很小。

幽闭恐惧症患者可能会产生焦虑、心跳加快等反应，其他目前还没有发现磁共振对人体存在明显较大伤害，患者可以放心检查。另外，检查前患者需要去除所有金属物品，例如钱包中的硬币、打火机等，以免进入磁体间后金属物品被磁场吸引飞出，造成不必要的人身损伤。

磁共振检查是利用人体组织中原子核内电子的自旋运动，在人体进入磁场后通过施加某种特定频率的射频脉冲，使人体组织中的氢质子获得能量，当终止射频脉冲后，人体内氢质子释放能量回到原来的状态，磁共振设备通过专门的线圈可以接收到氢原子核的动态变化过程，经过对MR信号接收、图像重建等后处理过程产生出MR图像。