尿路结石手术的时间多在0.5-2小时，通常取决于结石大小、位置、硬度，以及术者操作熟练程度等，需要综合考量与评估。下尿路小结石，例如输尿管下段结石、膀胱结石等，通常0.5-1小时即可完成手术。但上尿路结石如输尿管上段结石，或者肾结石可能需要使用复杂较为复杂的器械，例如经皮肾镜或输尿管软镜等，手术时间会延长。但手术的时间不能无休止延长，手术时间过长会带来术后的严重感染，或失血过多等并发症，甚至出现某些致命并发症。
因此多数手术会控制在2小时以内，即使做不完，可以留待二期手术，不要强求，一直延长手术时间。延长手术时间，术后可能出现致命并发症，带来严重感染、大出血等并发症，反而得不偿失。特别是上尿路结石，例如肾上的巨大结石、鹿角状结石、多发的复杂结石等，通常需要多通道或分期手术完成。
