乙肝小三阳患者注射乙肝疫苗，通常不会起到作用。因为乙肝疫苗主要是从未感染过乙肝病毒的人使用，即在查乙肝5项的时候，如果乙肝5项呈全阴性，代表从来没有感染过乙肝病毒，对乙肝病毒的入侵也没有免疫能力。为防止乙肝病毒入侵后，导致乙肝病毒的携带，需注射乙肝疫苗。而乙肝小三阳代表体内有乙肝病毒，所以乙肝疫苗对于小三阳病人，通常无法起到作用。
对于乙肝小三阳的人群，需要做的处理并不是注射乙肝疫苗，而是需要进行监测，如监测乙肝小三阳的DNA情况、肝功能情况以及肝、胆、脾B超的情况。如果小三阳的患者HBV-DNA呈阴性，肝功能正常，则做临床观察，未来每半年左右检测1次肝功能、乙肝5项、HBV-DNA和肝、胆、脾、B超及甲胎蛋白等指标即可。如果乙肝小三阳患者的HBV-DNA呈阳性，肝功能也为异常，除要进行保肝、降酶治疗外，需进行积极的抗病毒治疗，争取让HBV-DNA转阴。
