咽喉囊肿大部分是慢性炎症刺激造成的分泌物所致。正常情况下，炎症分泌物可分泌于黏膜表面，通过咳嗽或吞咽排出体外，或进入胃内。部分情况下，炎症刺激之后，造成分泌物无法排放于黏膜表面，从而在黏膜下积聚，当分泌物逐渐增多时，局部黏膜可出现明显的肿胀、隆起，从而形成囊肿。
咽喉部囊肿一般属于良性病变，虽然局部黏膜下存在黏液，或浆液性液体潴留，但细胞排列或细胞性质，一般不会发生明显变化，仍属于良性细胞，因此为良性病变。针对咽喉部囊肿，如果囊肿较小，可暂时观察，主要以控制炎症为主，如果没有明显症状，可一直随访。当咽喉部囊肿，逐渐增大时，出现明显的异物感，或酸胀、吞咽不适等症状，一般只能通过手术的方式，将囊肿切除。
