非典型子宫内膜增生治愈后，有可能复发。非典型子宫内膜增生症癌变的风险，相对于单纯子宫内膜增生症显著升高，而且合并子宫内膜癌的机会比较高。对于这种子宫内膜增生症，首选子宫切除。

有有生育要求的妇女，要求保留子宫，在严密评估的情况下，也可以用药物，或者含有左炔诺酮的宫内节育系统进行治疗。治疗的同时，3-6个月要进行一次内膜的评估，看非典型的子宫内膜增生是否逆转。如果进展，还是建议进行子宫的切除。如果消退痊愈，建议再进行药物的巩固治疗，但巩固的时间目前没有定论。

非典型的子宫内膜增生经过孕激素治疗逆转以后，如果因激素停药以后，体内有一些高雌激素水平或者雌激素作用，这种高危因素没有去除，还是会复发。这种高危因素包括肥胖、稀发排卵或者无排卵、多囊卵巢综合征等卵巢功能异常的改变，或者异常子宫出血，或者是合并乳腺癌，口服雌激素受体拮抗剂，也会促进子宫内膜的增生，造成非典型子宫内膜增生治疗后再次复发。