针灸严格按照操作规程通常不会扎坏神经，但在特殊的情况下，如使用特殊的针具和针灸特殊的部位、穴位有可能会扎坏神经。平时使用的针具如普通毫针通常无影响，但较粗的针具如针刀或刃针，扎得较深的情况下，可能会损伤神经。如扎中椎管可能会造成椎管的感染，扎得过深甚至会损伤脊髓。
针灸部位通常为穴位，很多穴位位于神经周围，所以扎着神经或扎在神经的附近为较常见的现象。扎着周围神经通常影响不大，反而有时需要刺激神经，如坐骨神经痛有时候会要求扎在神经附近，引起放射性的麻木和窜痛的针感。扎中神经后不能进行反复的提、插、捻、转，有可能会损伤神经。如内关穴处存在正中神经，相对较表浅，针灸内关穴时常会扎到正中神经，针感向手指头放射，这种情况下则不要进行反复的提插，以免损伤正中神经。
