病毒性龟头炎口服利巴韦林，同时使用利巴韦林软膏外用涂抹。病毒性龟头炎大多同时合并有细菌感染，因此在抗病毒治疗的同时要应用抗生素，可以口服喹诺酮类抗生素，如环丙沙星、左氧氟沙星，也可以应用广谱抗生素，如头孢类。
还要保持局部清洁，避免辛辣刺激食物，保持通风、干燥。如果炎症能及时控制住，尽可能做手术治疗，包皮手术切除后，局部保持干燥，龟头炎大多能治愈。
病毒性龟头炎大多是由于病毒感染造成的，有些与不洁性行为、高危性行为有关，治疗要避免性生活，尤其是与有病毒感染的患者进行性生活时，要应用安全措施，使用安全套。
病毒性龟头炎如果合并疱疹，要增强自身的免疫力，要注意饮食、多喝水、多增加有氧运动，增加自身免疫力是治疗病毒性感染的有效措施。如果合并有其他基础病，如糖尿病、艾滋病，要同时应用药物控制血糖、尿糖，也可以使用干扰素降低病毒含量。
