肾结核的原发灶大多数在肺脏，即继发于肺结核，也可以继发于消化道结核、骨结核。如果是肺结核、消化道结核或者骨结核，结核菌可以进入血液，沿着血液到达肾脏的皮质，形成较小结核灶：
1、抵抗力比较强：如果病人抵抗力比较强，肾皮质的血流很丰富，结核灶就会被清除；
2、抵抗力比较弱：如果病人出现免疫力低下，比如肿瘤的病人或者应用免疫制剂的病人，结核灶会容易发展。
结核灶在肾脏皮质内生长较慢，髓质含氧量比较低，更适合结核生长。结核一旦进入肾脏髓质，就会在肾髓质长大，突破肾盂壁到达肾盂内，病人可以出现血尿(镜下血尿或者肉眼血尿)。
如果结核灶沿输尿管下行，到达膀胱可以形成膀胱结核，膀胱结核可以导致病人出现肉眼血尿，而且肉眼血尿一般是终末期血尿。
