脑垂体囊肿可能是先天发生，如果一旦发生，一般无法自愈。但是大多数囊肿属于相对静止状态，可能几年甚至十几年都没有明显变化，可以对它进行一些观察，因为毕竟其生长部位没有一定的张力，也不会引发比较严重的症状。每隔1-2年对它进行影像学检查，比如头部CT、核磁等来密切关注变化。
如果在观察过程中囊肿发生了明显变化，比如增大比较明显，尤其伴发一些比较严重的临床症状，这时就必须要对它进行处理。处理方式包括两种，一种是传统的开颅，把垂体囊肿进行切除，还有一种是通过鼻腔进行窥器的手术，或者用内镜的方式来进行处理。如果患者适合内镜手术，强烈建议采取，因为内镜手术非常微创，而且术后恢复也非常快，容易被广大患者所接受。
