肛周脓肿切开排脓或者自溃都会形成肛瘘，此为并发症而不是后遗症。肛周脓肿手术以后如果能够正确找到感染病灶，即肛门腺腺体，则可以不形成肛瘘，可将脓肿、肛瘘一次性切除术。可能会产生的并发症如下：
1、如果脓肿很深，破坏更多肛门括约肌，可以引起肛门不全失禁或者完全性失禁。因为肛门括约肌的主要机能是控制自主排便，如果手术掌握不好，手术当中切断过多括约肌，临床会产生并发症或后遗症；
2、如果脓肿比较大，损伤组织比较多，特别是括约肌、肛管组织，虽然没有导致肛门失禁，但可以导致肛门局部流黏液，肛门关闭不全；
3、脓肿切除以后没有正确找到原发病灶，存在继发感染的过程，因此切口经久不愈或者由于不愈合，常局部有渗透液或者血水流出。
因此治疗肛瘘或者肛周脓肿最主要的是找到原发病灶，才能彻底治愈。