乳果糖的主要副作用，即不良反应，为治疗初期可能会出现腹胀症状。通常继续治疗用药后，症状可逐渐消失。如果乳果糖的剂量较大，高于推荐剂量，可能出现腹痛、腹泻，可适当减少使用。如果便秘症状缓解或消失，可以及时停药，尤其需要避免长期大剂量的服用。如果长期大剂量的服用乳果糖，可能导致部分患者过度腹泻，造成电解质紊乱。
若患者对乳果糖及其组分过敏，或患有胃肠道梗阻、急性腹痛、消化道穿孔，及部分患者存在消化道穿孔的风险，如溃疡性结肠炎、克罗恩氏肠病等，都属于乳果糖的禁忌证。乳果糖为治疗用药，因此在用药过程中需要进行监测，避免不良反应发生。
