对于Rathke囊肿手术后复发概率，目前没有十分确切的统计学数字，Rathke囊肿作为先天性囊肿，如果通过手术方式将囊肿全切，则在术后不会复发。而如果由于各种原因如囊肿壁与正常垂体、视神经、视交叉的重要结构粘连过于紧密，未能实现手术全切，在手术之后有囊肿复发风险，必要时还需考虑再次手术治疗。特别是Ratnke囊肿复发后，体积还在进行性增大，并且产生对垂体、垂体柄、视神经、视交叉的压迫症状，则需要考虑再次进行手术治疗。
对于没有明显症状，只是在影像学复查时发现Rathke囊肿复发，可以考虑继续进行临床随访观察，不必急于手术治疗。在多年观察过程中，如果复发的囊肿逐渐增大，并且使患者出现症状，可以考虑再次进行手术治疗。
