如果患者的颅骨顶骨出现凹陷，主要原因如下：

1、生理性凹陷：即颅骨发育过程中形成的凹陷，特点是形成较为缓慢，可能患者从小就有凹陷，随着身体的生长发育，凹陷可能会逐渐变明显，在触摸凹陷处时，质地和周围的颅骨一样坚硬，并且没有疼痛感；

2、病理性凹陷：可以由各种原因引起，如颅骨嗜酸性肉芽肿、颅骨骨髓炎、颅骨转移瘤、颅骨骨髓瘤等，通常会伴有局部颅骨的破坏性改变。由于局部颅骨的吸收，凹陷区域有软组织填充，所以在触摸时，质地会较周围颅骨更加柔软、质韧，甚至可以在肿物的周边，触摸到正常的颅骨骨缘。凹陷的特点是在较短时间内形成，一般在几周到几个月可以形成，触摸时会有疼痛感和压痛感。还有一些颅骨的凹陷，是由于外伤所引起的颅骨凹陷性骨折所致。

总之，顶骨凹陷的原因较多，需要根据患者凹陷的具体表现形式，进行大致地分析。如果患者很难自行分析出原因，则需要及时到神经外科就诊，由神经外科医生帮助诊断。