附睾囊肿不能自愈，附睾囊肿是良性病变，通常对男性没有影响，当附睾囊肿明显增大时会对睾丸、输精管造成梗阻和压迫。附睾囊肿通常是由于附睾管堵塞后导致囊性增生，形成囊性改变，多数病人出现双侧附睾头或尾部多发的囊性改变，通常不影响生育功能，也没有任何不适症状。附睾囊肿明显长大时会压迫周围组织，导致周围组织受压，睾丸、附睾出现不适的感觉，多数病人由于合并附睾炎或慢性前列腺炎，睾丸会出现坠胀不适。
附睾囊肿应当与睾丸囊肿鉴别，睾丸囊肿通常发生在睾丸上，附睾囊肿主要发生在附睾上，还应当与睾丸鞘膜积液鉴别，睾丸鞘膜积液通常发生在睾丸脏层和壁层腹膜之间，形成鞘膜腔。鞘膜腔内正常有液体，当鞘膜腔内液体超过正常量时形成睾丸鞘膜积液，睾丸鞘膜积液也是良性病变，如没有症状、不影响日常生活时，通常不需要处理。
