经皮肾镜属于微创性检查，对肾脏影响比较小，患者手术的开口较小，同时术中出血也会比较少，术后恢复也快。通常经皮肾镜主要用于直径超过1.5cm的肾结石，或者是超声波碎石难以碎掉的肾结石，以及造成严重肾积水的输尿管结石患者，可以用经皮肾镜将石头取出。
术后患者由于创伤比较小，因此恢复时间会比较快，相对是安全性比较高的一种手术，同时经皮肾镜，对肾功能通常没有较多影响。因此，对于有肾结石，同时经过超声波碎石没有解决或者是肾结石体积比较大，以及造成严重肾积水的肾结石患者，可以考虑用经皮肾镜，然后进行取石的手术。
