甲沟炎晚期会出现比较严重的病理性组织增生包绕指甲，也就是严重的嵌甲畸形。另外，对甲床持续性浸润和破坏，使甲床萎缩、变小，使指甲变硬，对指甲的外形和整个甲床结构产生一种破坏。
甲沟炎反复复发会成为一种长期的慢性炎症，慢性炎症持续性增生，会形成一种病理性肉芽组织，可以是一种质硬的水肿，总是流水、流脓的肉芽组织，并且包绕指甲，形成嵌甲畸形。同时周边的组织炎症反应，使得肉芽组织看起来非常饱满，而指甲比较小。
甲沟炎到后期，因为炎症反复持续刺激，会导致甲床破坏，使甲床变小、萎缩。指甲由于失去甲床的依靠和辅助，生长受到阻碍，指甲异常增厚，指甲会比较小、干枯、营养不良、增生、变脆。甲沟炎严重时，会出现严重的病理增生与畸形。建议尽早、尽可能的控制症状，避免出现严重的并发症。
