胆总管结石ERCP取石后近期可能会出现术后急性胰腺炎、出血、穿孔、胆管炎等并发症，需在住院期间观察和治疗。远期可能出现的问题包括胆总管结石复发、反复发作急性胆管炎、胰腺炎、十二指肠乳头狭窄，极少数患者会发生胆管癌，最常见为胆总管结石复发，一般在10%左右。因为十二指肠乳头被打开，胆总管和肠道相通，肠内液体、食物有可能进入胆总管从而再次形成胆总管结石，一旦感染会形成急性胆管炎。
若结石复发则需要再次行ERCP治疗，部分患者可能在ERCP术后出现腹胀、腹部隐痛、稀便、大便次数增多等消化不良症状，一般症状较为轻微，随时间逐渐好转。患者可以通过调整饮食结构和保持健康生活习惯改善症状，症状明显的患者可以咨询医生服用对症药物治疗，症状缓解后即可逐步停药。
