肝门部胆管癌根治术几乎不存在禁忌症，若患者心肺功能良好、没有远处转移，且肿瘤可切除，即可行肝门部胆管癌根治术。

该手术为疑难手术，因为癌变位置在肝门，肝门部包括肝动脉、门静脉、胆管、腔静脉。肝脏主要的管道结构都位于肝门，是各大管道出入的位置。若肿瘤长在肝门，则情况非常危险。另外其结构较紧密，胆管、动脉、门静脉相互依靠，胆管上长肿瘤，极易侵犯门静脉及肝固有动脉，所以不易切除。另外肝门部胆管癌，会向肝内生长，会侵犯肝内胆管、肝内肝组织、肝内肝动脉或门静脉分支，这种情况多无法局部切除，只能行合并半肝或扩大的半肝切除。如长在左肝管的胆管癌，侵犯到肝总管，此时需做左半肝切除，留下右半肝。如果胆管癌是Ⅳ型，左右肝管都及肝胆管均有累及，此时需切除肝内胆管，可做扩大的右半肝或者扩大的左半肝切除。该手术切除范围较大，并发症发生率高，但就肝门胆管癌来讲，切除的效果仍非常明显，所以应做切除手术，建议在允许的情况下尽量切除。即便是不能根治性切除，也可行姑息性切除，这样对病人较有益。姑息性切除即胆管肿瘤从肝门部胆管累及到肝内胆管，不能将肝脏直接切除，但对于提高病人的生存率来讲，仍有意义。部分情况可以做肝移植，但若是弥漫性胆管癌，肝移植术后复发率较高。

经过临床病例分析，肝门胆管癌的首选治疗方式为手术切除，姑息性切除也较为有效。对于广泛转移的患者，只能做减黄手术，不能强行进行根治术，因为其死亡率较高。