结肠透析的操作流程是清洗肠道、灌透析液、中药保留灌肠，具体如下：

1、清洗肠道：将管子插进去后清洗肠道，同时测定结肠对灌洗的敏感度，将肠道清洗干净后就可以灌肠；

2、灌排透析液：灌肠时通常会选择透析液，透析液进去大概十几分钟后排出。不停灌、排透析液，可以进一步清洗肠道，同时将结肠内毒素排出；

3、中药保留灌肠：清洗肠道后进行中药保留灌肠，中药保留灌肠一般要求病人保留30分钟左右。常用的中药包括大黄制剂，另外自己配的药方如大黄、红花、黄芪等。这些药物对病人结肠功能稳定有一定作用，对排毒也有帮助作用。如果吸收进去，对于肾功能也有好处。此外有的人还会用尿毒清进行灌肠，也可以有一定效果。