多重耐药菌的感染源主要来自住院患者，如果患者感染多重耐药菌，便可以通过各种途径传播给其他患者，此患者便是感染的主要来源。如果患者污染的是环境物品，环境物品便是感染源，通过这些环境物品也可以传播给其他患者。针对这些感染源，要做好控制措施或消毒措施。
如果患者需进行隔离，要对患者污染的环境物品进行清洁和消毒，可以使用消毒剂。医务人员或患者的家属，以及其他人也需注意手卫生，特别是接触多重耐药菌感染的患者，以及周围环境物品以后，要使用快速手消，或者使用流动水清洗手部，防止再污染其他物品。另外，在接触其他患者时，也要防止将多重耐药菌带给其他人。
