巴氏腺囊肿手术通常不需住院，一般该手术在门诊进行，但手术比较麻烦，手术步骤通常如下：
1、局部麻醉：局部注射利多卡因进行麻醉；
2、切开引流：在巴氏腺囊肿口的表面切开1-2cm的创口，将囊内液挤出后使用碘伏冲洗脓腔；
3、放置引流条：将脓腔冲洗干净后放置引流条，因为脓腔内的脓液，即便冲洗得再干净也不会一次性消失，脓腔还会不断的产生脓液，只是产生的量减少。术后前几天可能需要每天换药，即不断将脓腔进行反复冲洗，同时放置引流条。引流条的作用一方面是引流脓腔中的脓液，另一方面是压迫止血。因为手术只是将脓腔切开但并不进行缝合止血，放置引流条有压迫止血的作用。同时脓腔愈合时，需要脓腔内先愈合而后外部再愈合。如果外表先愈合便可能形成囊腔，因此该疾病特别容易复发。放置引流条时，一般每次越放越少，使伤口从内到外逐渐愈合，囊肿的囊腔逐渐缩小而防止后续复发。
