针灸科主要治疗疾病有神经系统疾病，包括各种类型的神经痛以及神经损伤，另外还可以治疗骨伤科疾病等，具体如下：

一、神经系统疾病

1、神经痛：包括三叉神经痛、坐骨神经痛、肋间神经痛、带状疱疹后遗神经痛等，上述疼痛都可以用针灸进行治疗；

2、神经损伤：神经损伤非常常见，如中枢神经损伤，像脑梗塞、脑出血遗留的神经损伤，以及各种脑部手术引起的神经损伤造成的偏瘫或者其他的神经缺损状态，还有脊髓炎引起的中枢神经损伤、脊髓损伤，还有外伤引起的截瘫。除此之外，神经损伤还可见于周围神经损伤，比如面瘫、桡神经损伤、胫神经损伤、尺神经损伤等，也可以用针灸进行治疗。

二、骨伤科疾病：

1、脊柱疾病：包括颈椎病、腰椎病等；

2、关节疾病：膝关节炎、肩周炎等关节性疾病；

3、软组织损伤：如腰肌劳损、腰背肌筋膜炎；

4、风湿骨痛：比如类风湿性关节炎、强直性脊柱炎等，都可以用针灸进行治疗。

除此之外，针灸还可以治疗其他内科杂病，则不再一一复述。