喝咖啡的时候拉肚子通常提示存在肠道功能的紊乱或者肠易激综合征的问题。咖啡因可能会起到对肠黏膜的刺激作用，导致肠道的痉挛、蠕动的加快，引起吸收减少 ，就会带来腹泻的问题。喝咖啡的时候拉肚子往往是因为本身存在肠道功能的紊乱或者肠道比较敏感，出现肠易激综合征的问题。往往也会在诱因之下发作，本身可能最近比较劳累、焦虑，大便不太好、休息不好，或者喝了酒等因素的刺激下，都会在出现喝咖啡拉肚子的问题。
如果本身存在腹泻的问题，需要去进行肠镜的检查，排除器质性病变，排除器质性病变以后才能够考虑存在的是肠功能紊乱和肠易激综合征的问题。肠功能紊乱和肠易激综合征的情况下，本身喝咖啡就会有拉肚子的表现，只能通过调节肠胃的功能来改善。如果肠易激综合征、肠功能紊乱整体的状况能够得到改善，喝咖啡拉肚子的问题可能也会出现改善。另外要注意不要喝太浓的咖啡，过浓的咖啡也会增强肠道的刺激作用，导致喝咖啡以后出现腹泻的问题。
