通常存在肺部真菌感染时可以治愈，目前治疗肺部真菌感染药物较多，包括伏立康唑、伊曲康唑、两性霉素B、卡泊芬净、泊沙芬净等，便宜的药物为氟康唑，主要根据真菌感染细菌具体类型，如白色念珠菌、曲霉菌素、隐球菌等，不同感染不同真菌类型使用药物不同。

还需要依据疾病严重程度，分为较小病灶还是整个肺叶、肺实质均有病灶，真菌是否侵及大脑、食道、胃肠道、肝脏等部位，是否侵入血流等情况，严重程度不同预示着不同预后。

整体来讲所有重症病人，由于目前存在ICU、较好医疗条件以及ECMO等，重症肺部侵袭性肺部真菌病感染有80%，甚至更多患者均可以治愈。但仍存在百分之十几的患者无法治愈，因此病去世，尤其对于毛霉、黑霉感染可以使用药物很少且病情进展较快、预后较差。

大部分真菌感染患者可以治愈，但需要根据医嘱进行足够疗程治疗，最低疗程为3个月，最高疗程达到48个月。根据不同真菌类型采取不同方案，而且还需要根据患者自身反应，恢复较快的患者疗程较短，恢复较慢、抵抗力低的患者疗程会较长。