直肠增生息肉除小的丘状隆起性病变可以定期检查和严密观察外，一般情况均需行手术治疗。手术治疗主要包括电灼，即利用热效应切除；套扎，利用缺血效应来达到治疗息肉目的；手术切除，由于手术切除对机体损伤较大，所以要把握好适应症，对于粗蒂或基底比较广的息肉，怀疑有恶变及较大息肉距肛门6-7cm，可以在麻醉下经肛门行息肉切除，如果经肛门不能切除，可以经腹来切除。另外，在手术治疗中，腹腔镜的应用越来越广泛，可以应用腹腔镜切除位置比较高的直肠息肉，达到微创、恢复快的目的，且还可以获取较高质量的手术标本。
经过治疗后，还要注意日常饮食习惯，多吃新鲜蔬菜、水果，增加膳食纤维的含量，减少有毒、有害物质摄入，尽量少吃油炸、烟熏和腌制类食品，同时要养成良好生活习惯，从而提高机体免疫力。需要强调的是，对于有结直肠息肉家族史及息肉史的人群，应定期检查，以做到早期发现，早期诊断和早期治疗。
