肝内胆管结石疼痛症状，一般与肝内胆管结石大小和位置相关。疼痛与胆囊结石疼痛相似，表现为右上腹隐痛，大部分人会表现为间断发烧、黄疸、胆管炎发作。疼痛多半与饮食相关，例如进食油腻食物后会出现右上腹胀痛不适、低烧，甚至伴有寒战、高热等急性化脓性胆管炎表现。如果结石体积适中，没有造成胆道完全梗阻，无过多症状。
很多肝内胆管结石于肝内钙化灶有时很难鉴别，如果不伴有胆管扩张，结石较小基本无任何症状，所以不会引起疼痛。如果出现右上腹疼痛同时发现肝内胆管结石，首先鉴别是否为肝内胆管结石引起疼痛。因为右上腹疼痛还可能存在其它病因，例如胃肠道问题、结肠问题有可能会引起右上腹疼痛。所以需要明确疼痛部位、性质、诱因以及它疼痛牵涉程度，综合鉴别诊断是否因为肝内胆管结石导致疼痛还是因为其它病因导致疼痛，从而能够针对病因进行相对症治疗。
