纤维支气管镜的检查是呼吸科的常用检查，在应用此项检查时，可检查确诊肺部的许多疾病，主要有以下几种：

1、感染性疾病：对于气管、支气管内的感染性疾病，比如肺结核、肺炎，发生病毒、真菌感染，均可通过支气管镜检查的方式，取得病原学的诊断，可通过支气管肺泡灌洗液进行培养、涂片分离，还可进行下一代基因测序(NGS)，而确定是何种细菌或病毒感染；

2、肺部新生物：临床可使用纤维支气管镜对气管、支气管内的新生物、肿瘤进行活检，而确定肿瘤是分型，或是否为良性或恶性；

3、肺实质病变：纤维支气管镜检查可对周边肺实质病变进行活检，比如间质性肺疾病可使用冰冻检查。对于远处小病变，均可以采取盲检方式取得活检标本，而最终确定疾病的原因。只有明确原因和诊断，才能够给予相应的对因治疗，从而治愈疾病。

除治疗外，纤维支气管镜的检查，还可进行某些治疗，比如经气管镜对腔内、气管内的肿瘤切除、支气管狭窄冷冻以及放支架以进行扩张支气管的治疗。