急性结膜炎分为细菌性和病毒性，两者首选的眼药水不同，具体如下：
1、急性细菌性结膜炎：首选广谱抗生素眼药水；
2、急性病毒性结膜炎：首选广谱的抗病毒眼药水。
如果无法清楚分辨是单纯细菌还是单独病毒时，可以首选广谱抗生素眼药水和广谱抗病毒眼药水联合使用，二者间隔5-10分钟，早期炎症比较严重时需要频繁点用，一天至少6-8次，前3天可能一小时1次，只有频繁点抗生素和抗病毒眼药水，才能将细菌跟病毒感染压制到最低。
病毒具有自限性，若毒性较弱，广谱抗病毒眼药水能很好地杀死病毒，症状会好转很快，结膜炎也会好转很快。若毒性较强，即便频繁使用抗病毒眼药水，病程也需要延续1-2周，病毒感染1周时建议复查。
有些病毒表面症状虽然好转，但实际病毒的毒性也会侵犯到角膜深层。因此急性结膜炎首选药要根据感染细菌跟病毒不同，而选择不同药物。
