拉肚子医学上称为腹泻，如果腹泻程度比较轻，黄连素可以发挥良好的抗炎、止泻作用。黄连素主要的有效成分是小檗碱，小檗碱有较好的抑菌、杀菌作用。当腹泻、肠道内有炎症存在时，服用黄连素有助于炎症的控制，对于腹泻症状能够有所控制，能够促进炎症的消退。
小檗碱还有较多其他的生理学作用，如能够提高免疫，对于肠道黏膜的免疫也有一定增强作用。所以当有腹泻或者是有肠炎时，服用黄连素以后，除能够直接抑菌作用以外，还能够改善肠黏膜屏障的免疫功能。从上述作用机制来看，对腹泻也有一定的治疗作用。小檗碱还是具有多种生物学活性的一种成分，对于肠黏膜的修复、肠黏膜功能的恢复，均有一定作用。所以在腹泻时，如果腹泻程度较轻，服用黄连素有较好的治疗作用。
