泌尿系统感染可以分为上尿路感染和下尿路感染，上尿路感染主要是肾和输尿管的感染，下尿路感染主要是膀胱和尿道感染。又可以根据病原微生物的不同，将泌尿系统感染分为特异性感染和非特异性感染。

上尿路感染当中主要的是非特异性感染，也可见特异性感染，最常见的细菌是结核杆菌。而在下尿路感染当中，非特异性感染主要致病菌还是细菌，常见细菌包括大肠埃希菌、变形杆菌、克雷伯杆菌、假单胞菌等革兰氏阴性细菌。同时也存在革兰氏阳性细菌感染，如金黄色葡萄球菌。

下尿路感染最值得注意的是特异性感染，下尿路感染中最常见的特异性感染是淋菌性尿道炎，其主要是淋菌奈瑟氏菌感染。此外，对于非淋菌性尿道炎，常见的感染病原微生物是沙眼衣原体、解脲支原体、人型支原体等。

其他可能会引起感染的微生物，包括滴虫、白色念珠菌等。所以在尿路感染当中，往往需要根据细菌学的培养来选择合适药物进行治疗。