激光治疗角膜近视手术比较安全，但存在极个别病例，如果发生严重并发症便可能导致患者失明。激光治疗角膜镜是在角膜上皮进行手术，无论是角膜上皮下的磨镶术或全飞秒、半飞秒、准分子激光 ，或LASIK手术(准分子激光手术)，均可以牵扯到角膜瓣制作，即角膜上皮细胞屏障的损害。如果患者术前在结膜囊内，即角结膜表面细菌感染控制较差，可以导致术后由于角膜上皮屏障损害、缺失等情况而发生感染。
如果发生角膜上皮瓣下感染，属于一种比较严重的情况，通常可以形成角膜溃疡，即使及时治疗，最终也可能形成角膜瘢痕的愈合，从而可能极大影响视力。如果溃疡、感染未得到充分治疗，最终可能造成角膜穿孔以及眼泪炎而导致患者失明。激光手术导致失明是极个别情况，患者在进行激光角膜术前，均会被要求滴含抗菌素的眼药水，需要足够疗程使用，保证结膜囊安全和无菌。
