三天新生儿心脏有杂音，可能是生理性，也有可能是病理性的原因引起，而且病理性的可能性还很大，分以下几种情况：

一、生理性杂音：

1、肺动脉狭窄：新生儿最常见的生理性杂音就是由于肺动脉相对狭窄所引起的杂音，这是新生儿最常见的杂音。因为在胎儿时期，人的肺不扩张，肺的血流也非常少，出生以后肺一扩张，肺血流显著地增多，肺血管就不能满足这个需求 ，所以说肺动脉相对地有狭窄会出现心脏杂音，这是生理性杂音里比较常见的一种情况；

2、瓣膜反流：新生儿的心脏杂音也有可能是瓣膜反流，比如说三尖瓣反流，因为肺动脉压力此时偏高，所以容易出现三尖瓣反流，也会引起杂音，这都属于在生理范畴的杂音。

二、病理性杂音：

1、动脉导管未闭：这是三天新生儿比较常见的引起杂音的原因，但是动脉导管未闭，可能也是一个生理状态，因为一般一周左右动脉导管才能够进行关闭上，所以说有可能是一周以后杂音就会消失；

2、其他先天性心脏病：还有更为常见的一种情况，就是三天以后的新生儿的心脏杂音是由先天心脏病引起，最常见的就是一些左向右分流的先天性心脏病，比如说室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭等这些先天心脏病所引起的心脏杂音，这是三天的新生儿心脏杂音最常见的原因。

但是具体是生理性的还是病理性的原因引起来的心脏的杂音，通过小孩的听诊无法进行准确判断，必须结合辅助检查，最常用的辅助检查就是超声心动图的检查。因此，对于三天新生儿有心脏杂音的情况，要及时完成超声心动图检查才能决定原因，以及是先天心脏病还是生理性等情况。