肛瘘手术的恢复标准最后为完全治愈。肛门会有瘢痕，因为肛瘘切开以后会遗留瘢痕，但是低位的很浅，高位瘢痕重些，但是最后都会慢慢软化形成一条线。用虚实结合挂线法来治疗肛瘘，瘢痕是非常小的。
完全治愈的标准，比如之前流脓水现在没有脓水了，下坠的、疼痛的、难受的、发烧的、肿的等所有的症状完全消失，大便也没有血，这时基本上就可判断肛瘘彻底治愈。当然最后创口的瘢痕软化需要三个月到半年的时间，瘢痕还会较硬，有时会出现针扎样疼痛，偶尔会有。
所以肛瘘痊愈的症状非常简单，即症状完全消失，只是偶尔会有针扎样疼痛，或者肛门中有些分泌物，稍微很少的肠液流出，这些都是正常情况。瘢痕不可能完全闭合，需半年后才能闭合的非常好。
