磷酸钙结石和其它结石一样，由于尿液中磷酸钙结晶的析出，随着结晶体的增加就形成了结石。结石的成因比较复杂，结石是由晶体和基质构成，其中晶体占了97%，而基质占了3%，根据晶体的不同，可以把结石分为含钙结石、感染性结石、胱氨酸结石以及尿酸结石。结石是可以是单一成分，也可以是复合成分，结石的成因很复杂，具体如下：
1、外界因素，比如自然环境因素、社会因素、天气因素等；
2、是否存在有其它系统的疾病，如内分泌疾病、尿酸增高以及代谢性疾病；
3、泌尿系统的因素，主要是泌尿系统感染或者梗阻。
在这三种因素的作用下，可以导致尿液的成石因素发生改变，促进结石发生的因素增加，抑制结石发生的因素减弱，进而导致尿液中的有形成分析出，从而形成结晶。磷酸钙结石容易在碱性尿液中析出，在形成磷酸钙结晶以后，逐步增大会形成磷酸钙结石。
