先天性角膜白斑通常会合并有青光眼、白内障，一般先天性青光眼不会合并有角膜白斑，先天性青光眼和角膜白斑是两种疾病。
但是在出现先天性角膜白斑时，可能会合并青光眼，主要是由于在胚胎发育期，体表外胚层与晶体囊泡没有完全分离，或者瞳孔残膜与晶体发生粘连，和角膜也发生粘连，因此可以发现，先天性角膜白斑合并青光眼，是胎儿在母体内发育的时候形成。
先天性角膜白斑形成的时候合并有青光眼，最常见的还合并有眼内组织缺损、下段虹膜缺损。这时要引起高度重视，尤其是合并青光眼，会影响到婴儿视力发育，需要积极干预和处理。
对于角膜白斑如果影响到婴儿视力发育，在四岁前尽可能要进行角膜移植。同时要注意由于眼内组织缺损，可能会合并有其他问题，比如眼底疾患、视网膜疾患，孩子形成弱视的概率比较高。
