正常状态下其实幽门螺杆菌是阴性，所以如果检测报告，无论是尿素酶试验还是呼气试验、粪便抗原、血清学检测，如果报告阴性应该都是正常现象。但是关键阴性结果是否正确，还是假阴性。幽门螺杆菌的检测可能会受到方法学的影响、疾病状态的影响、检测时机的影响以及药物的影响。
从方法学里面受到一定限制，所以阴性有时是假阴性。尤其是进口试剂盒，反而不适用中国人群的检测。另外尿素酶检测，假阴性也非常多。在我国尿素酶检测没有非常好、非常稳定的试剂盒，所以用胃黏膜的标本进行尿素酶检测，假阴性率发生非常普遍。呼气试验也会出现假阴性，如在检测之前1个月内服用过抗生素、铋剂，在检测之前2周内服用过强抑酸药，如奥美拉唑、雷贝拉唑等，也都会影响检测结果。
