肾盂结石合并感染以后，临床症状主要表现为局部腰部疼痛，这种疼痛症状通常为胀痛，同时患者会出现全身症状，比如发热、寒战等。
泌尿系统结石、梗阻和感染，三者可以互为因果，从而造成临床症状出现。通常是结石引起梗阻，梗阻发生积水以后导致感染发生，在感染严重的时候会出现尿脓毒血症，威胁患者生命。
因此当肾盂结石合并感染的时候，需要积极处理，应用强有力的抗生素，通常采用的是第三代头孢菌素或者第三代喹诺酮类的抗生素等药物进行处理。
积极的处理梗阻性因素，也是最重要的对因治疗，由于梗阻大部分情况下是结石导致，针对结石进行处理是关键。通常可以采用体外冲击波碎石或者输尿管软镜，以及经皮肾镜的碎石方法来进行病因的治疗。
如果患者的一般情况较差，症状较重，可以先行尿液引流，比如放置双J管甚至肾造瘘引流尿液，待症状缓解以后再进行对因的治疗。
